Царские палаты. Борис узнает от Шуйского о самозванце, появившемся в Кракове, и «что король и паны за него». Услышав, что самозванец выдает себя за царевича Димитрия, Годунов начинает в волнении расспрашивать Шуйского, исследовавшего это дело в Угличе тринадцать лет назад. Успокаивая Бориса, Шуйский подтверждает, что видел убитого царевича, но между прочим упоминает и о нетленности его тела — три дня труп Димитрия Шуйский «в соборе посещал […], Но детский лик царевича был ясен,/И свеж, и тих, как будто усыпленный». Краков. В доме Вишневецкого Григорий (теперь он — Самозванец) обольщает своих будущих сторонников, обещая каждому из них то, что тот ждет от Самозванца: иезуиту Черниковскому дает обещание подчинить Русь Ватикану, беглым казакам сулит вольность, опальным слугам Бориса — возмездие.
В замке воеводы Мнишка в Самборе, где Самозванец останавливается на три дня, он попадает «в сети» его прелестной дочери Марины. Влюбившись, он признается ей в самозванстве, так как не желает «делиться с мертвецом любовницей». Но Марина не нуждается в любви беглого монаха, все её помыслы направлены к московскому трону. Оценив «дерзостный обман» Самозванца, она оскорбляет его до тех пор, пока в нем не просыпается чувство собственного достоинства и он не дает ей гордую отповедь, называя себя Димитрием.
16 октября 1604 г. Самозванец с полками приближается к литовской границе. Его терзает мысль, что он врагов «позвал на Русь», но тут же находит себе оправдание: «Но пусть мой грех падет не на меня — А на тебя, Борис-цареубийца!»На заседании царской думы речь идет о том, что Самозванец уже осадил Чернигов. Царь отдает Щелкалову приказ разослать «во все концы указы к воеводам», чтобы «людей […] на службу высылали». Но самое опасное — слух о Самозванце вызвал «тревогу и сомненье», «на площадях мятежный бродит шепот». Шуйский вызывается самолично успокоить народ, раскрыв «злой обман бродяга».
21 декабря 1604 г. войско Самозванца одерживает победу над русским войском под Новгород-Северским.
Площадь перед собором в Москве. В соборе только что закончилась обедня, где была провозглашена анафема Григорию, а теперь поют «вечную память» царевичу Димитрию. На площади толпится народ, у собора сидит юродивый Николка. Мальчишки его дразнят и отбирают копеечку. Из собора выходит царь. К нему обращается Николка со словами: «Николку маленькие дети обижают […] Вели их зарезать, как зарезал ты маленького царевича». А потом, в ответ на просьбу царя молиться за него, бросает ему вслед: «Нет, нет! нельзя молиться за царя Ирода — Богородица не велит».
У Севска войско Лжедимитрия «начисто» разбито, но катастрофический разгром отнюдь не ввергает Самозванца в отчаянье. «Хранит его, конечно, провиденье», — подытоживает соратник Самозванца Гаврила Пушкин.
Но эта победа русских войск «тщетная». «Он вновь собрал рассеянное войско, — говорит Борис Басманову, — И нам со стен Путивля угрожает». Недовольный боярами, Борис хочет воеводой поставить неродовитого, но умного и талантливого Басманова. Но через несколько минут после разговора с Басмановым царь «занемог», «На троне он сидел и вдруг упал -/Кровь хлынула из уст и из ушей».
Умирающий Борис просит его оставить наедине с царевичем. Горячо любя сына и благословляя его на царствование, Борис стремится всю полноту ответственности за содеянное взять на себя: «Ты царствовать теперь по праву станешь. Я, я за все один отвечу Богу…»
После напутствия царя сыну входят патриарх, бояре, царица с царевной. Годунов берет крестную клятву с Басманова и бояр служить Феодору «усердием и правдой», после чего над умирающим совершается обряд пострижения.
Ставка. Басманов, высоко вознесенный Феодором (он «начальствует над войском»), беседует с Гаврилой Пушкиным. Тот предлагает Басманову от имени Димитрия «дружбу» и «первый сан по нем в Московском царстве», если воевода подаст «пример благоразумный Димитрия царем провозгласить». Мысль о возможном предательстве ужасает Басманова, и тем не менее он начинает колебаться после слов Пушкина: «Но знаешь ли, чем мы сильны, Басманов? Не войском, нет, не польскою помогай, А мнением; да! мнением народным».
Москва. Пушкин на Лобном месте обращается к «московским гражданам» от царевича Димитрия, которому «Россия покорилась», и «Басманов сам с раскаяньем усердным Свои полки привел ему к присяге».
